En los dos primeros meses de la guerra, la Junta de Defensa Nacional no desarrolló una estructura de gobierno ni una política común para las zonas de España bajo su control. Los jefes militares de los distintos frentes disfrutaron de gran autonomía y a menudo se produjeron discordias entre ellos.
Conforme se acercaban a Madrid, la necesidad de un mando único se hacía más urgente. A las alturas de septiembre de 1936, Franco no era miembro de la Junta, pero sí tenía gran autoridad en el bando nacional por estar al mando del Ejército de Africa y por haber conseguido las ayudas alemana e italiana. El 29 de septiembre, la Junta le nombró generalísimo y jefe del estado y le confirió todos los poderes.
Inmediatamente, Franco sustituyó la Junta de Defensa Nacional por una junta técnica, en la que sólo había un miembro de la Junta recién disuelta. No se pensó este nuevo organismo como una solución a largo plazo, sino como un ente supervisor de las operaciones bélicas. Funcionó como gobierno en la zona nacional durante un año y medio hasta que Franco nombró un gabinete convencional.
