En Madrid, el centro del levantamiento fue el Cuartel de la Montaña, situado justo en frente de Ferraz 16, donde se estaba terminando de instalar la nueva residencia DYA. El 19 de julio, las fuerzas de seguridad y los milicianos bloquearon las calles que llevaban al cuartel. Esa noche, Escrivá envió a sus casas a del Portillo, Hernández de Garnica y Jiménez Vargas y se quedó en la residencia con Zorzano y González Barredo. Los primeros, al llegar a sus casas, telefonearon a DYA para decir que estaban bien. A la mañana siguiente se reunieron en la casa de Jiménez Vargas.
En las primeras horas del lunes 20 de julio, las fuerzas de seguridad y las milicias populares atacaron el Cuartel de la Montaña, con el apoyo de carros de combate, piezas de artillería y uno o dos aviones. A mediodía ya habían tomado el cuartel y matado a la mayor parte de sus defensores. Con las masas populares enardecidas, no era prudente permanecer más tiempo en la residencia. Así, Escrivá, Zorzano y González Barredo se echaron a la calle. Para evitar ser reconocido como sacerdote, Escrivá se puso un mono de trabajo que encontró en DYA. Aunque llevaba la tonsura bien afeitada, como era la costumbre en los sacerdotes de la época, nadie se dio cuenta y llegó sano y salvo a casa de su madre. Zorzano y González Barredo también llegaron a salvo a las suyas.
El 25 de julio, Jiménez Vargas volvió a la residencia para recoger algunas cosas que se habían dejado allí. Un grupo de milicianos anarquistas irrumpió en el edificio minutos mas tarde. Le interrogaron, registraron la residencia y, después, le llevaron a casa de sus padres. A pesar de hacer un nuevo registro, no encontraron el archivo con los nombres y direcciones de todos los que participaban en las actividades de DYA. Se marcharon sin arrestarle.
Por la tarde, Jiménez Vargas y del Portillo quedaron en la calle para intercambiar noticias y decidir qué hacer a continuación. No sabían qué les depararía el futuro. Si el alzamiento fracasaba, la violenta revolución anticlerical haría imposible el desarrollo del Opus Dei en España. ¿Debían dejar España para tratar de llevar el Opus Dei a algún otro sitio? Concluyeron que Dios no podía haber preparado el comienzo del Opus Dei en Madrid sólo para desenraizarlo y hacerlo comenzar en otro sitio. Confiando en que Dios protegería a la Obra y a su fundador de cualquier peligro, resolvieron permanecer en Madrid y hacer todo lo posible para ayudar a Escrivá.
Durante la primera semana de agosto, Escrivá permaneció escondido en la casa de su madre, sumido en la ansiedad por no tener notocias de la suerte de Vallespín, Casciaro, Botella y Calvo Serer, que se encontraban en Valencia y sus alrededores. Estaba especialmente preocupado por Hernández de Garnica, que había sido encarcelado. Las vida de los prisioneros estaba constantemente amenazada. Casi a diario, se fusilaba a un buen número sin que hubiera nada parecido a un juicio. A mitad de agosto fue ejecutado un grupo de políticos moderados que estaban en prisión. Entre ellos había cuatro ex ministros de la República.
Por su parte, Zorzano también se encontraba en una situación crítica. A causa de sus convicciones religiosas, los trabajadores de los ferrocarriles le habían buscado por Málaga para asesinarle. La búsqueda fue en vano y enviaron su fotografía e información sobre él a los grupos revolucionarios de Madrid. Así, Zorzano casi no pudo salir de su casa durante dos meses. El piso quedaba más o menos libre de la posibilidad de un registro, ya que un documento acreditaba que estaba bajo la protección de la Embajada de Argentina. Aunque Zorzano había nacido en Argentina, no tenía pasaporte de aquel país, ya que salió de allí siendo niño y los hijos de los emigrantes españoles no tenían derecho a la nacionalidad si no cumplían el servicio militar. Sí poseía un documento que indicaba que había nacido enel país, pero que, en esos momentos, le proporcionaba poca protección en las calles del Madrid revolucionario.
Escrivá pasó la mayor parte de su tiempo en casa de su familia, rezando por la Iglesia, por el Opus Dei y sus miembros, y por España. Cuando se le acabaron las formas y el vino necesarios para decir la Misa, celebraba lo que llamó “Misa seca”: rezaba todas las oraciones previstas, excepto la de la consagración. Incluso en aquellas difíciles circunstancias, procuró impulsar el crecimiento y desarrollo de la Obra. Usaba frecuentemente para aquellas “Misas secas” los textos de la petición por las vocaciones, con el pasaje del Evangelio que narra la llamada de los apóstoles.
