Después de dejar la casa de la calle Serrano y pasar por las de varios amigos, del Portillo encontró refugio en la Embajada de Finlandia. Sin embargo, a comienzos de diciembre los milicianos la asaltaron y arrestaron a todos los refugiados. Del Portillo, junto con Hernández de Garnica, fue a parar a la cárcel de San Antón, una prisión provisional instalada en lo que antes había sido una escuela.
La amenaza de muerte pesaba constantemente sobre los prisioneros de San Antón. Había unos cuatrocientos encerrados en lo que había sido la capilla del colegio. Un día, un miliciano se subió al altar y le puso una colilla en la boca a una imagen religiosa. Un amigo de del Portillo se apresuró a quitarla y el miliciano le mató de un tiro. En otra ocasión, un guardia se acercó a del Portillo, le puso una pistola en la cabeza y afirmó: “Llevas gafas”, dijo, “debes de ser un cura”. Después, bajó su pistola y se alejó.
Del Portillo fue juzgado como enemigo de la República al final de enero de 1937. En ese momento había ya una cierta garantía en los procesos y fue puesto en libertad por falta de pruebas. Estar libre, sin embargo, no significaba tener seguridad. En cualquier momento podía ser detenido por un grupo de milicianos y de nuevo ser encarcelado o asesinado en el mismo sitio. Como su madre era mexicana, pudo refugiarse en la Embajada de México desde el final de enero hasta el 13 de marzo de 1937.
Hernández de Garnica no corrió la misma suerte que del Portillo. A pesar de sufrir una seria enfermedad de riñón, continuó encarcelado. Durante aquel tiempo, con frecuencia sacaban grupos de prisioneros y los ejecutaban, sin razones aparentes. Un día pareció que había llegado su turno. Fue esposado y subido a un camión con otros prisioneros para ser fusilado. El camión estaba a punto de salir, cuando alguien gritó su nombre y le ordenó bajarse y volver a su celda.
Más tarde, en febrero de 1937, fue trasladado a una prisión de provincias y, desde allí, a la Cárcel Modelo de Valencia. Cuando Escrivá lo supo, escribió a Casciaro para que hiciese todo lo posible por ayudar a Hernández de Garnica. En julio de 1937, fue liberado de la cárcel, en parte debido a sus problemas de riñón, pero poco tiempo después fue reclutado por el ejército republicano, donde sirvió hasta el final de la contienda.
El estallido de la Guerra Civil sorprendió a Vallespín en Valencia. Su situación era muy precaria. Había viajado allí días antes para firmar el contrato de la nueva residencia y no conocía la ciudad. No tenía trabajo, ni contactos -aparte de los pocos jóvenes miembros de la Obra- ni un sitio donde quedarse. En agosto, cuando parecía que el golpe había fallado y que el país se enfrentaría a un conflicto prolongado, se alistó en una milicia socialista. Como era arquitecto, fue asignado para ayudar en el diseño de fortificaciones en el frente de Teruel.
Casciaro fue el miembro de la Obra al que menos afectó el comienzo de la Guerra Civil. Acababa de marcharse a Torrevieja (Alicante) para pasar el verano con su familia. Enseguida fue llamado a filas por el ejército republicano, pero le declararon inútil para el servicio por su mala vista. Volvió a la casa de su familia. Su abuelo, que tenía pasaporte británico, había colocado un cartel en la puerta que decía que aquella propiedad pertenecía a un súbdito del Reino Unido. Sobre la casa ondeaba una gran Union Jack. Además, su padre, miembro de la izquierda moderada, tenía un puesto importante en la política local, lo que proporcionó a Casciaro alguna seguridad y cierta libertad de movimientos.
Los rumores que corrían en las provincias sobre la violencia en Madrid hicieron temer a Casciaro por Escrivá y los demás miembros de la Obra. Experimentó un profundo alivio al recibir una postal de Escrivá dos meses después. En aquella tarjeta, y en las breves cartas que después le envió, le urgía a rezar con insistencia y a no perder la confianza en Dios. Para evitar la censura, Escrivá no nombraba a Dios directamente ni empleaba términos religiosos, pero Casciaro entendió bien que, cuando Escrivá le animaba a “hablar a menudo con don Manuel y su madre”, se estaba refiriendo a Nuestro Señor y a la Santísima Virgen, y que, cuando le sugería que se dejase “guiar siempre por Manuel”, le estaba hablando de abandonarse en las manos de Dios.
Al final de 1936, cuando ya estaba claro que la guerra no terminaría pronto, Casciaro consiguió trabajo en un laboratorio cercano. Esto le permitió afiliarse a la Unión General de Trabajadores y al Partido Socialista. Con estas credenciales podía viajar por el este de España y visitar a Calvo Serer, uno de los mas recientes miembros de la Obra. Calvo Serer se había tenido que esconder, ya que era bien conocido en Valencia como dirigente de la Asociación de Estudiantes Católicos. En el verano de 1937 salió del escondite y fue alistado en el ejército republicano.
A pesar de las dificultades para recibir los sacramentos, Casciaro intentó mantener la vida de oración y sacrificio que había aprendido en la Obra. Consiguió asistir a Misa regularmente en un pueblo cercano, hasta que el comité revolucionario local prohibió al anciano párroco decir la Misa. Incluso después, pudo durante algún tiempo recibir la comunión y confesarse.
Casciaro entendió que, incluso en aquellas circunstancias extraordinarias, un miembro del Opus Dei no podía contentarse con cultivar únicamente su propia relación con Dios. Tenía que acercar a otros a Dios. Para Casciaro, era evidente que debía empezar por su hermano menor, José María. Le aconsejó que no dejase pasar los días y las semanas en vano. En concreto, le sugirió que estudiase francés mientras vigilaba el rebaño de ovejas de la familia. Además, animó a su hermano a vivir habitualmente algunas prácticas de piedad, como la oración personal y el Rosario.
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Al fracasar los intentos de tomar Madrid, el conflicto se haría largo y se convertiría en una guerra de desgaste y ocupación. Este cambio de signo de la guerra no era fácil de percibir porque la información que circulaba era parcial y fuertemente manipulada por la censura. Aun así, los miembros de la Obra comprendieron que había llegado el momento de buscar refugio más estable y seguro. También, que debían pensar soluciones para sacar adelante el apostolado del Opus Dei en un país que podía quedar dividido indefinidamente. Para comprender cómo respondieron a esas nuevas circunstancias, puede ser útil hacer un breve resumen del curso de la guerra desde marzo de 1937 hasta su conclusión el 1 de abril de 1939.
